Pemikiran dan peradaban saling terkait. Peradaban merupakan hasil pemikiran. Keduanya dipaparkan dalam jilid ini. Pada masa klasik berkembang pesat pemikiran Islam seperti fikih, kalam, tasawuf, dan filsafat; sains (geografi, biologi, dan kimia), sejarah, sosiologi, dan politik; dan seni (arsitektur, kaligrafi, arabesk, dan sastra). Kesatuan ilmu ini dalam konstruksi pemikiran Islam disebut secientia sacra (sains sakral), yang memberi kontribusi besar bagi peradaban Islam. Ilmuwan dan pereka cipta Islam, seperti Ibnu Khaldun, Ibnu Rusyd, al-Biruni, dan Umar Khayam yang berperan dalam pemikiran dan peradaban masa lalu maupun kini, dibahas dalam jilid Pemikiran dan Peradaban ini. Khazanah Islam lokal juga diangkat, seperti sastra Islam Melayu. Jilid ini juga memuat pemikiran modern. Pendeknya, jilid ini memberikan gambaran bahwa pemikiran, ilmu, dan peradaban Islam berakar pada wahyu, yakni Al-Qur’an dan sunah Nabi SAW.