« Il y a dans Les Mystères de Paris une énergie sauvage : celle d'une cohorte de personnages maléfiques, malfrats hideux comme la Chouette, Tortillard - un anti-Gavroche -, le Maître d'école ou Bras-Rouge, criminels du grand monde comme le comte de Saint-Remy, monstres hypocrites comme le notaire Jacques Ferrand. Eugène Sue n'est pas avare de noirceur. Mais il y a aussi une sauvagerie du Bien, celle de Rodolphe, prince mélancolique venu à Paris à la recherche de sa fille perdue, impitoyable avec les méchants qu'il punit au mépris des lois. On doit à sa cruauté quelques-unes des scènes les plus stupéfiantes du roman : le châtiment du Maître d'école, ou le supplice de luxure imposé à Jacques Ferrand. Cette cruauté contraste avec la pureté morale de Fleur-de-Marie, comme avec la face solaire de Rodolphe, providence de tous les malheureux honnêtes dont il croise le chemin.
Le roman exprime dans son ensemble une quête assoiffée de régénération morale de la société, par l'amélioration des mécanismes préventifs et répressifs (c'est le sens de l'engagement de Sue en faveur dans l'encellulement des criminels) ainsi que par l'invention de mécanismes d'incitation au Bien, police ou tribunal de la Vertu, qui doivent récompenser publiquement les actions exemplaires.» Judith Lyon-Caen.