Tibo, Dominggus dan Marinus sejatinya menjalani eksekusi di hadapan regu tembak pada 9 Maret 2006, namun batal dilaksanakan dikarenakan Kapolda Brigjen Oegroseno (ketika itu) menyatakan masih membutuhkan keterangan mereka guna mengungkap para pelaku pembantaian massal di sejumlah tempat dalam wilayah Kabupaten Poso saat berkecamuk kerusuhan pertengahan tahun 2000.
Rencana eksekusi kembali dijadwalkan 12 Agustus 2006 pukul 00:15, namun lagi-lagi gagal dilaksanakan. Bahkan, penundaan eksekusi (kedua) langsung diumumkan Kapolri Jenderal Sutanto seusai mengikuti rapat kabinet dipimpin langsung Presiden Susilo Bambang Yudhoyono atau 15 menit menjelang deadline eksekusi, dengan alasan masyarakat Indonesia tengah merayakan HUT Proklamasi Kemerdekaan.
Fabianus Tibo, Dominggus da Silva, dan Marianus Riwu akhirnya dieksekusi pada hari Jumat, 22 September 2006, pukul 01.35 Wita dini hari.
“Saya berani bersumpah di atas 100 Alkitab, tidak pernah melakukan yang dituduhkan kepada saya.” ~ Tibo kepada Pastor Jan Mangkey.
“Jeritan hati nurani saya: saya tidak membunuh. Tangan saya bersih dari noda darah. Karena itu saya mohon kepada PADMA Indonesia dan semua orang yang punya hati. Tolonglah saya dan kedua teman saya. Selamatkan kami. Saya yang masih berharap akan keajaiban Tuhan.” ~ Tibo kepada PADMA Indonesia Januari 2006.
“Jeritan saya ini merupakan jeritan begitu banyak orang-orang yang tertindas, teraniaya, terancam karena tidak bisa bicara tentang kebenaran dan semuanya ditimpakan dan dituduhkan kepada kami.” ~ Tibo, dalam informasi khusus mengenai penyerangan di km 9.
“Kami mohon Bapak Presiden dapat menerima permohonan grasi yang diajukan keluarga kami. Sekali lagi kami sampaikan, kami tidak terlibat dalam kerusuhan Poso III, apalagi dituduh sebagai pemimpin kelompok tertentu.” ~ Tibo, Kompas Maret 2006.
“Kami terus memohon kepada Tuhan, supaya Tuhan buka jalan, sehingga semua pihak tergerak hatinya untuk membuka persoalan ini kembali, yakni mengungkap keterlibatan oknum-oknum yang sudah kami sebutkan. Sehingga kasus Poso bisa terungkap semuanya. Biarlah kebenaran terungkap bahwa kami tidak bersalah. Meskipun akan banyak pihak-pihak yang marah, kami siap menanggung resikonya.” ~ Tibo, Suara Pembaruan April 2006.
“Hanya doalah yang menguatkan kami. Semua upaya hukum yang kami lakukan dengan bantuan pengacara dan orang-orang yang bersimpati hanyalah usaha manusia, tetapi Tuhan-lah yang menentukan. Jika akhirnya kami dieksekusi, itu bukan karena kesalahan kami, juga bukan karena hukum telah dilaksanakan dengan adil, tetapi karena itu sudah menjadi kehendak Tuhan.” ~ Tibo, Kompas April 2006.
“Ini akan membantu kami agar tegar dalam menghadapi hukuman mati.” ~ Tibo, ketika menerima salib dan rosario dari Paus Benediktus XVI Maret 2006.
Selain dikenal sebagai seorang opa yang bijaksana, Tibo juga dikenal memiliki kemampuan mengobati berbagai macam penyakit. Sejak tahun 2000 tercatat sekitar 800 orang datang berobat kepadanya. Tibo pantang menerima apapun dari orang-orang yang berobat kepadanya, melainkan hanya meminta mereka untuk selalu berdoa dan meninggalkan sifat-sifat yang tidak baik. “Sifat-sifat tidak baik dari orang yang berobat itu saya ketahui setelah saya berdoa.” ~ Tibo, Kompas April 2006.
“Kalau grasi dan PK kedua tidak dikabulkan, kami tetap tidak mau menerima eksekusi mati. Terserah pemerintah kalau mereka tetap mau mengeksekusi kami, tetap kami tidak terima. Kami menerima yang tidak kami berbuat, itu dosa. Kami tidak menerima hukuman mati.” ~ Tibo, Suara Pembaruan April 2006.
“Jangan ada dendam setelah eksekusi papa. Biarkan papa pergi dengan tenang dan damai. Papa sudah sangat siap. Sudah begini jalan hidup papa. Mari diimani saja.” ~ Tibo, seperti dikisahkan Mgr Yoseph Suwatan MSC kepada Manado News.
“Ya, saya ini orang Katolik. Saya harus rapi dan harum karena sedikit lagi mau menghadap Tuhan saya.” ~ Marinus, ketika mendadak minta sisir dan parfum menjelang pelaskanaan eksekusi mati.
“Ya Bapa, ampunilah mereka!” ~ Dominggus, ketika peluru maut menembus tubuhnya.
Kisah selengkapnya mengenai kasus Tibo cs dan upaya pembelaan oleh PADMA Indonesia dapat dibaca di buku “Kesaksian dari Penjara: Fabianus Tibo - Marinus Riwu - Dominggus da Silva”; editor Jannes Eudes Wawa; diterbitkan oleh PADMA Indonesia.