Pengurangan kekuatan pasukan dari 350.000 prajurit TNI dan 470.000 Laskar Perjuangan menjadi hanya 160.000 prajurit, menyebabkan terjadinya penentangan dari para prajurit, khususnya dari Laskar Perjuangan... (Konflik Internal TNI-AD 1945-1950).
Ketidakpuasan terhadap AH Nasutiom dan pemerintah terus meluas karena mutasi dan makin merajalelanya korupsi. Ini ditunjukkan dengan adanya upaya penangkapan terhadap PM Ali Sastroamidjoyo pada 16 Nopember 1956 oleh gerakan pasukan Letkol Kemal Idris dari Cirebon dan Letkol Soeharto dari Tasikmalaya, serta Mayor Jaelani yang membawa KKAD (Kopassus sekarang). Namun, gerakan ini gagal dan perencananya -Kolonel Zulkifli Lubis. Kolonel Sapari dan Kolonel Brata Manggala- ditangkap oleh AH Nasution.... (Konflik Internal TNI-AD 1951-1965)
Puncak konflik antara Jenderal M. Yusuf dengan Letjen Benny Moerdani terjadi ketika pada 30 Maret 1981, Jenderal M. Yusuf melakukan Commanders Call ABRI di Ambon. Letjen Benny Moerdani tidak ikut. Bertepatan dengan acara tersebut terjadi peristiwa pembajakan pesawat Garuda Woyla di Bangkok. Letjen Benny Moerdani langsung mengatasi pembajakan ini sendiri tanpa kendali dari Jenderal M. Yusuf..... (Konflik Internal TNI-AD 1966-1995)
Letjen Prabowo Subianto bertemu Amien Rais di Hotel Regent pada 19 Mei 1998 pukul 16.00 WIB, antara lain meminta Amien Rais membatalkan people power karena berbahaya. Pertemuan Letjen Prabowo dan Amien Rais tak disukai Jenderal Wiranto. Jenderal Wiranto melaporkan pertemuan itu sebagai upaya untuk menjatuhkan Soeharto, sehingga Letjen Prabowo Subianto dianggap berkhianat dan dimusuhi oleh kalangan Cendana....... (Konflik Internal TNI-AD 1996-2000)