Setelah sinopsis konteks dan kontekstualisasi, jalan pikiran esai-esai buku ini disusun secara sistematis dalam lima bagian besar:
I. KONTEKSTUALISASI PERSPEKTIF DISIPLIN FILSAFAT DAN TEOLOGI: dalam sejarah pertautan keduanya, tantangannya di Indonesia, konteks kultur Jawa, dalam tantangan sekularisme, perspektif teologi biblis, hukum kanonik, dan ajaran sosial Gereja.
II. TEOLOGI PRAKTIS KONTEKSTUAL: homili, spiritualitas, liturgi, dan katekese inkulturatif.
III. MEMBANGUN GEREJA KONTEKSTUAL: konteks patristik, misioner dalam terang Ecclesia in Asia, dalam rangka mengupayakan persaudaraan sejati, Gereja yang mencinta, pengalaman Gereja partikular (Malang), komunitas basis Gerejani serta insani.
IV. KONTEKSTUALISASI HIDUP KRISTIANI: revisi hidup religius, imam yang memasyarakat, formasio kepemimpinan calon imam, dan pendampingan keluarga.
V. PRAKSIS TEOLOGI KONTEKSTUAL; proyek kontekstualisasi dalam misi umat (sebuah contoh praksis).
Buku Membangun Gereja dari Konteks (MGK) ini juga dipersembahkan untuk pembangunan Gereja Indonesia. Sekalian umat Allah yang dipersatukan dalam Kristus (awam, mahasiswa-dosen, rohaniawan-wati, imam, uskup) perlu memiliki buku ini untuk pendalaman dan aktualisasi pewartaan imannya.