Minke kali ini benar-benar berangkat ke Batavia untuk melanjutkan sekolah ke STOVIA atau sekolah dokter pribumi. Di bagian ini kita akan mendapatkan gambaran tentang keadaan Jakarta tempo doeloe ketika masih bernama Batavia.
Berkat kekuatan karakternya, Minke berhasil melewati ujian perpeloncoan dari seniornya malah ia menjadi salah satu siswa yang disegani. Minke juga bertemu dengan seorang gadis Tionghoa yang nampak rapuh dari luar tapi sebetulnya adalah seorang pejuang tangguh yang nantinya akan mempengaruhi sikap nasionalisme Minke. Gadis yang biasa disapa Mei itu akhirnya resmi diperistri Minke.

Dunia jurnalistik tidak bisa ditinggalkan begitu saja dalam hidup Minke, sambil kuliah ia juga aktif menulis untuk sebuah surat kabar. Menulis bagi Minke selain untuk motif ekonomi juga menjadi cara untuk melakukan perlawanan terhadap kolonial. Kedatangan seorang pensiunan dokter jawa yang menyerukan pembentukan organisasi modern kian membuat pikiran Minke kian terbuka. Tekadnya untuk melakukan perlawanan terhadap kolonialisme tanpa menggunakan kekerasan menjadi makin bulat.
Duka kembali memayungi hidup Minke ketika Mei sang kekasih harus menyerah terhadap panggilan Sang Kuasa karena sakit akibat terlalu aktif dalam kegiatan pergerakan kaumnya. Pukulan bagi Minke makin terasa keras ketika ia pun dinyatakan dipecat dari sekolah dokternya. Sempat terpuruk, Minke kembali bangkit dan mendirikan sebuah penerbitan yang diberi nama “Medan Prijaji”. Koran ini menjadi alat perjuangan Minke yang paling efektif untuk menyerukan misi-misinya seperti penghapusan feodalisme, memperkenalkan cara baru untuk melakukan perlawanan terhadap kaum kolonial melalui sistem boikot serta tentu saja aspirasinya seputar pembentukan organisasi modern.Selain bergiat dalam bidang jurnalistik, Minke juga sempat bergabung sebuah organisasi yang dikenal sebagai Boedi Oetomo. Namun akibat perbedaan persepsi dengan para penggerak BO lainnya, Minke memutuskan untuk keluar dan membentuk organisasi sendiri yang memiliki cakupan yang lebih luas. Organisasi tersebut disebut Syarikat Dagang Islam atau disingkat SDI. Dalam urusan asmara, Minke juga telah memutuskan untuk menyunting seorang putri dari seorang Raja yang disingkirkan dari kampung halamannya di Kasiruta, sebuah daerah di Maluku. Prinses demikian istri ketiga Minke ini disapa adalah seorang wanita yang sangat tahu memposisikan dirinya sebagai seorang istri.

Cara perjuangan Minke melalui surat kabar dan organisasi yang kian berkembang pesat membuat pemerintah kolonial makin gerah terhadap sepak terjangnya. Segala cara dilakukan untuk menghentikan langkah Minke dan para pendukungnya, mulai dari cara halus melalui berbagai jebakan secara politis hingga cara kasar yang melukai Minke secara fisik. Namun dengan licinnya, Minke selalu berhasil melewati cobaan tersebut sehingga ia tetap bisa melanjutkan langkah pejuangannya.

Minke adalah seorang pria beruntung yang selalu mendapatkan wanita pendamping yang luar biasa. Prinses adalah termasuk wanita luar biasa yang nampak halus namun sebetulnya adalah seorang yang terlatih untuk selalu siaga menghadapi perang. Prinses juga tak segan-segan angkat senjata demi melindungi nyawa sang suami tercinta. Keberuntungan Minke soal wanita pendamping ternyata bertolak belakang dengan kemampuannya soal meneruskan garis keturunan alias mandul.

Dengan semakin besarnya SDI dan juga makin pesatnya Medan Prijaji membuat Minke terpaksa harus memberikan kepercayaan kepada orang lain untuk mengurus semuanya. Rupanya titik inilah yang diincar kaum kolonial dengan menyusupkan seorang pengkhianat hingga mendapatkan kepercayaan penuh dari Minke lalu ia akan menusuk dari belakang. Akibatnya Minke mendapat tuduhan tindakan kriminal yang membuatnya ditangkap oleh penguasa. Pada bagian buku dikisahkan kalau Minke akan menjalani hukuman di luar pulau Jawa. Maka Minkepun harus berpisah dengan istri dan rekan serta para pendukungnya yang selama ini telah setia mendampinginya.