Banyak pelajaran yang dapat ditarik dari hasil-hasil penelitian yang telah dilakukan, diantaranya konflik horisontal yang terjadi antar komunitas yang mengatasnamakan agama seperti di Ambon, Maluku, Poso, Sulawesi Tengah ternyata pada awalnya bukanlah konflik berdasarkan Agama, tetapi Agama dalam konflik tersebut lebih banyak sebagai faktor pengiring yang meningkatkan eskalasi konflik. Identitas keagamaan telah dimanfaatkan sebagai alat yang efektif untuk mencari dukungan, legitimasi dan memperkuat posisi masing-masing kelompok yang berkepentingan. Penyebab utamanya biasanya di luar agama, seperti terjadinya kesenjangan di bidang politik, ekonomi, hukum dan tidak efektifnya pemerintahan dan aparat keamanan. Kelemahan di dalam penegakan hukum dan tidak adanya ketegasan aparat keamanan menjadi penyebab utama berlarut-larutnya konflik di suatu wilayah.